真菌界之基础真菌中微孢子虫门:

    微孢子虫门（microsporidia）是一类专性细胞内寄生的单细胞真核生物，传统上被归类为真菌，但其分类地位曾存在争议（近年研究多支持其属于真菌界）。以下是微孢子虫门下的全部纲级分类：

    微孢子虫门（microsporidia）的纲级分类

    1. 裸孢子纲（Arhizophidea）

    特征：孢子缺乏极丝（polar filament）或极丝退化，寄生在无脊椎动物。

    示例：Nucleophaga（核噬虫属）。

    2. 双单孢子纲（dipodophylidea）

    特征：孢子具双核，极丝结构简单。

    示例：dipodophylaea。

    3. 微孢子纲（microsporea）

    最大且多样性最丰富的纲，包含大多数已知的微孢子虫。

    特征：孢子具典型极丝，可感染脊椎动物（包括人类）和无脊椎动物。

    重要目：

    Glugeida目（如 Glugea、Encephalitozoon）

    microsporida目（如 Nosema，蜜蜂病原体）。

    4. 变形孢子纲（metchnikovellea）

    特征：孢子形态特殊，主要寄生在节肢动物（如甲壳类）。

    示例：metchnikovella。

    5. 奇孢子纲（marinosporidea）

    特征：海洋环境中发现的类群，宿主多为海洋无脊椎动物。

    示例：marinospora。

    注意事项

    分类变动：微孢子虫的分类系统仍在更新中，部分纲可能因分子系统学研究被调整或合并（如 microsporea 下的部分类群可能重新划分）。

    医学相关属：人类病原体多属 microsporea 纲（如 Encephalitozoon、Enterocytozoon）。

    真菌界（Fungi）中的 隐真菌门（cryptomycota） 是一类较新发现的、基础的真菌类群，它们与传统的壶菌门（chytridiomycota）和微孢子虫门（microsporidia）有一定的亲缘关系。隐真菌门的成员多为寄生或腐生单细胞生物，缺乏典型的真菌细胞壁（几丁质），但具有真菌的分子特征（如18S rRNA基因序列）。

    隐真菌门（cryptomycota）的纲级分类：

    1. 罗兹菌纲（Rozellomycota \/ Rozellida）

    代表类群：Rozella（罗兹菌属，寄生其他真菌或藻类）。

    特征：无细胞壁（或仅有极薄的细胞壁），具有游动孢子阶段。

    2. 微孢子虫相关类群（microsporidiarelated clades）

    部分隐真菌可能与微孢子虫（microsporidia）有共同祖先，但尚未完全归类。

    3. 其他未定纲类群

    如 cRY1、cRY2 等环境序列分支（可能代表新的纲）。

    重要说明

    隐真菌门 vs. 罗兹菌门（Rozellomycota）：部分研究将隐真菌门拆分为 罗兹菌门（Rozellomycota） 和 隐真菌门（cryptomycota s.s.），但目前仍存在争议。

    分类变动：由于隐真菌的基因组研究仍在进行中，未来可能会有调整（如新增纲或合并）。

    真菌界之壶菌及相关类群中壶菌门：

    真菌界的 壶菌门（chytridiomycota） 是一类原始的、具有 鞭毛游动孢子 的真菌，主要生活在淡水、土壤或寄生在动植物上。壶菌门下的纲级分类如下：

    壶菌门（chytridiomycota）的全部纲

    1. 壶菌纲（chytridiomycetes）

    最常见、多样性最丰富的纲，包括大多数自由生活或寄生的壶菌。

    特征：具有后鞭毛（单鞭毛）游动孢子，菌体为单细胞或简单菌丝体。

    代表属：

    chytridium（壶菌属）

    batrachochytrium（蛙壶菌属，如 b. dendrobatidis，导致两栖类壶菌病）

    Synchytrium（集壶菌属，植物病原菌）。

    2. 单毛壶菌纲（monoblepharidomycetes）

    特征：游动孢子具单根前鞭毛，菌体可形成 假菌丝 或 简单菌丝体。

    代表属：

    monoblepharis（单毛壶菌属）

    Gonapodya（腐生水生真菌）。

    3. 新壶菌纲（Neocallimastigomycetes）

    特征：厌氧性，无游动孢子阶段，生活在反刍动物（如牛、羊）的瘤胃中，帮助分解纤维素。

    代表属：

    Neocallimastix（新壶菌属）

    orpinomyces（瘤胃厌氧真菌）。

    4. 间壶菌纲（mesochytriomycetes）

    较新的分类，基于分子系统学（2018年后部分研究支持）。

    特征：介于壶菌纲和单毛壶菌纲之间，部分种类寄生藻类。

    代表属：

    mesochytrium

    5. 其他未完全确定的类群

    部分环境dNA序列可能代表新的纲，但尚未正式命名（如 clade x）。

    重要说明

    分类变动：壶菌门的系统发育研究仍在更新，部分纲可能被调整（如 mesochytriomycetes 是否独立仍有争议）。

    蛙壶菌（b. dendrobatidis） 是重要的病原体，属于 壶菌纲，影响全球两栖动物。

    新壶菌纲（Neocallimastigomycetes） 是唯一的 厌氧真菌，在生态和生物能源研究中很重要。

    真菌界的 新美鞭菌门（Neocallimastigomycota） 是一类专性厌氧的真菌，主要栖息于反刍动物（如牛、羊）的消化道中，帮助分解植物纤维素。该门最初被归类为壶菌门（chytridiomycota）的一部分，但因其独特的 无游动孢子、多鞭毛、严格厌氧 等特征，现已被提升为独立的门级分类单元（根据 hibbett et al., 2007 及后续研究）。

    新美鞭菌门（Neocallimastigomycota）的全部纲

    目前，该门仅包含 1个纲，但可进一步划分为不同的目和科：

    1. 新美鞭菌纲（Neocallimastigomycetes）

    特征：

    严格厌氧，依赖宿主（反刍动物或某些昆虫）的厌氧环境生存。

    无典型游动孢子阶段，但具有 多鞭毛的游动细胞（如 Neocallimastix 的游动孢子具420根鞭毛）。

    菌体形态多样，包括 多核菌丝体 或 单细胞 形式。

    主要目及代表属：

    1. 新美鞭菌目（Neocallimastigales）

    代表属：Neocallimastix（新美鞭菌属）、orpinomyces（瘤胃真菌）

    典型特征：多鞭毛游动细胞，广泛存在于牛、羊瘤胃中。

    2. 厌氧壶菌目（Anaeromycetales）

    代表属：Anaeromyces（厌氧壶菌属）、caeyces（盲囊菌属）

    特征：菌体形态简单，适应极端厌氧环境。

    3. 多鞭毛菌目（piromyces）

    代表属：piromyces（多鞭毛菌属）

    特征：游动细胞具多根鞭毛，常见于马、象的肠道。

    分类学争议与更新

    该门分类相对稳定，但部分属（如 cyllamyces）的系统位置仍在研究中。

    由于依赖分子数据（如 18S rRNA、ItS），未来可能细化或新增分类单元。

    如需最新信息，建议查阅：

    NcbI taxonomy（搜索 Neocallimastigomycota）

    《Fungal diversity》 或 《mycologia》 期刊的相关研究。

    真菌界之接合菌类中接合菌门:

    现代分类体系下的接合菌相关类群（原接合菌门的纲）

    根据最新的真菌分类系统（如 《Fungal Systematics and Evolution》），原接合菌门的成员被划分为以下几个 门或纲：

    1. 接合菌门（Zygomycota s.s.，狭义接合菌门）

    （部分研究仍保留此名称，但多数已拆分）

    毛霉纲（mucoromycetes）

    特征：菌丝无隔，无性繁殖产生孢囊孢子，有性生殖形成接合孢子（zygospore）。

    主要目：

    毛霉目（mucorales，如 mucor, Rhizopus）

    被孢霉目（mortierellales，如 mortierella）

    内囊霉目（Endogonales，如 Endogone）

    2. 梳霉门（Zoopagomycota）

    （原接合菌门中的捕食性或寄生性类群）

    梳霉纲（Zoopagomycetes）

    特征：寄生或捕食小型生物（如线虫、原生动物）。

    代表属：Zoopage, Stylopage

    虫霉纲（Entomophthoromycetes）

    特征：寄生昆虫（如 Entomophthora 感染苍蝇）。

    3. 球囊菌门（Glomeromycota）

    （与植物形成丛枝菌根共生关系）

    球囊菌纲（Glomeromycetes）

    特征：无性繁殖产生大型孢子（如 Glomus）。

    4. 其他独立分支

    捕虫霉纲（basidiobolomycetes）

    特征：曾归类于接合菌门，现独立（如 basidiobolus）。

    蛙粪霉纲（Kickxellomycetes）

    特征：菌丝有隔，如 Kickxella。

    传统接合菌门的纲（已拆分）

    （供历史参考，现多已废弃）

    1. 毛霉纲（mucoromycetes）

    2. 梳霉纲（Zoopagomycetes）

    3. 虫霉纲（Entomophthoromycetes）

    4. 内囊霉纲（Endogonales）

    5. 捕虫霉纲（basidiobolomycetes）

    重要说明

    分类变动：由于分子系统学的进展，接合菌门不再作为正式分类单元，而是被拆分为多个单系群。

    临床相关类群：毛霉目（如 Rhizopus）可引起人类毛霉菌病（mucormycosis）。

    生态功能：球囊菌门（Glomeromycota）对植物营养吸收至关重要。

    如需最新分类，建议查阅：

    NcbI taxonomy

    《Fungal diversity》期刊

    Spatafora et al. (2016) 的《真菌高阶分类修订》

    真菌界的 球囊菌门（Glomeromycota） 是一类专性 共生真菌，与大多数陆地植物形成 丛枝菌根（Arbuscular mycorrhizae, Am） 关系，对生态系统和农业至关重要。该门的分类相对稳定，目前仅包含 1个纲，但可进一步划分为多个目和科。

    球囊菌门（Glomeromycota）的分类

    1. 球囊菌纲（Glomeromycetes）

    特征：

    专性共生：无法独立生存，必须与植物根系共生。

    无性繁殖：产生大型厚垣孢子（如 Glomus）或丛枝孢子囊（如 Acaulospora）。

    无游动孢子，菌丝无隔（部分老年菌丝可能形成隔膜）。

    主要目及代表属（根据 Schu?ler & walker, 2010； Redecker et al., 2013）：

    1. 球囊霉目（Glomerales）

    代表属：Glomus（球囊霉属，常见共生菌）

    特征：孢子直接生于菌丝上，无辅助细胞。

    2. 无梗囊霉目（diversisporales）

    代表属：diversispora、Gigaspora（巨孢囊霉属）

    特征：孢子较大，部分种类有辅助细胞。

    3. 原囊霉目（Archaeosporales）

    代表属：Archaeospora（古孢囊霉属）

    特征：孢子形态原始，可能代表早期演化分支。

    4. 类球囊霉目（paraglomerales）

    代表属：paraglomus（类球囊霉属）

    特征：孢子微小，菌根结构较简单。

    5. 内养囊霉目（Entrophosporales）

    代表属：Entrophospora（内养囊霉属）

    特征：孢子生于菌丝内部，较少见。

    分类学争议与更新

    由于分子系统学（如 28S rRNA、ItS 序列分析）的发展，部分属（如 Glomus）被拆分（如 Rhizophagus）。

    目前 不承认其他纲，所有球囊菌均归于 Glomeromycetes。

    生态与经济重要性

    植物营养：帮助植物吸收磷、氮等营养。

    农业应用：作为生物肥料（如 Rhizophagus irregularis）。

    演化意义：可能与早期陆地植物共生（4亿年前）。

    如需最新分类，建议查阅：

    NcbI taxonomy（搜索 Glomeromycota）

    《mycorrhiza》期刊（菌根研究专刊）

    真菌界之高等真菌中子囊菌门:

    真菌界的 子囊菌门（Asycota） 是最大的真菌门，包含约 64,000种（占已知真菌的60%以上），涵盖酵母、霉菌、地衣及大型真菌（如羊肚菌、块菌）。子囊菌门分为 3个亚门 和 多个纲。以下是当前公认的分类框架：

    子囊菌门（Asycota）的主要分类

    1. 盘菌亚门（pezizomycotina）

    （占子囊菌的90%，含大多数丝状真菌和大型子囊菌）

    特征：形成多细胞的子实体（如盘菌、块菌），菌丝有隔膜。

    主要纲：

    1. 盘菌纲（pezizomycetes）

    代表：羊肚菌（morchella）、块菌（tuber）。

    2. 散囊菌纲（Eurotiomycetes）

    代表：青霉菌（penicillium）、曲霉菌（Aspergillus）。

    3. 座囊菌纲（dothideomycetes）

    代表：植物病原菌（如 Alternaria）、地衣共生菌（Lichenostigma）。

    4. 粪壳菌纲（Sordariomycetes）

    代表：冬虫夏草（ophiocordyceps）、赤霉菌（Gibberella）。

    5. 茶渍菌纲（Lecanoromycetes）

    代表：地衣（如 cladonia、xanthoria）。

    6. 锤舌菌纲（Leotiomycetes）

    代表：灰霉菌（botrytis）、核盘菌（Sclerotinia）。

    7. 虫囊菌纲（Laboulbeniomycetes）

    代表：昆虫寄生菌（如 Laboulbenia）。

    2. 酵母亚门（Saccharomycotina）

    特征：单细胞或假菌丝，无子实体。

    主要纲：

    1. 酵母纲（Saccharomycetes）

    代表：酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）、白色念珠菌（candida albicans）。

    3. 外囊菌亚门（taphrinomycotina）

    特征：原始子囊菌，部分为植物病原菌。

    主要纲：

    1. 外囊菌纲（taphrinomycetes）

    代表：桃缩叶病菌（taphrina deformans）。

    2. 肺孢子菌纲（pneumocystidomycetes）

    代表：人类病原菌（pneumocystis jirovecii）。

    3. 裂殖酵母纲（Schizosaccharomycetes）

    代表：裂殖酵母（Schizosaccharomyces pombe）。

    争议与更新

    新分类：部分纲（如 Neolectomycetes）可能被合并或调整。

    地衣化类群：许多地衣真菌属于盘菌亚门（如茶渍菌纲）。

    医学重要性：酵母纲（如 candida）和粪壳菌纲（如 Aspergillus）含重要病原菌。

    真菌界的 担子菌门（basidiomycota） 是另一大类重要真菌，包含许多常见物种，如蘑菇、锈菌、黑粉菌、酵母等。担子菌门可分为 3个亚门 和 多个纲。以下是当前公认的分类框架：

    1. 伞菌亚门（Agariycotina）

    特征：大多形成大型子实体（蘑菇、多孔菌等），包括食用菌和药用菌。

    主要纲：

    1. 伞菌纲（Agariycetes）

    代表：蘑菇（Agaricus）、灵芝（Ganoderma）、木耳（Auricularia）。

    特点：子实体多样，包括伞菌、多孔菌、胶质菌等。

    2. 银耳纲（tremellomycetes）

    代表：银耳（tremella）、隐球菌（cryptococcus）。

    特点：部分为酵母态，部分形成胶质子实体。

    3. 花耳纲（dacrymycetes）

    代表：花耳（dacrymyces）。

    特点：子实体通常呈胶质或蜡质。

    2. 锈菌亚门（pucciniomycotina）

    特征：多为植物病原菌，包括锈菌和部分酵母。

    主要纲：

    1. 锈菌纲（pucciniomycetes）

    代表：小麦锈菌（puccinia graminis）。

    特点：专性寄生，生活史复杂。

    2. 微球黑粉菌纲（microbotryomycetes）

    代表：microbotryum（寄生于植物）。

    3. 混合酵母纲（mixiomycetes）

    代表：mixia osmundae（蕨类植物寄生菌）。

    3. 黑粉菌亚门（Ustilaginomycotina）

    特征：主要为黑粉菌，引起植物黑粉病。

    主要纲：

    1. 黑粉菌纲（Ustilaginomycetes）

    代表：玉米黑粉菌（Ustilago maydis）。

    2. 外担菌纲（Exobasidiomycetes）

    代表：Exobasidium（引起植物叶肿病）。

    其他重要类群

    wallemiomycetes（瓦氏霉菌纲）

    代表：wallemia（耐旱霉菌，常见于食品）。

    Entorrhizomycetes（根肿菌纲）

    代表：Entorrhiza（与植物根部共生）。

    分类学更新与争议

    分子系统学 导致部分纲的调整（如 malasseziomycetes 被归入锈菌亚门）。

    酵母态真菌 在多个纲中存在（如银耳纲的 cryptococcus）。

    生态与经济重要性

    食用菌：如香菇（Lentinula edodes）、松露（tuber）。

    病原菌：锈菌和黑粉菌危害农作物。

    工业应用：酵母（如 cryptococcus）用于生物技术。

    真菌界之争议或小门类中芽枝霉门:

    真菌界的芽枝霉门（blastocladiomycota）是一类较为原始的真菌，主要生活在淡水或潮湿土壤中，部分为动植物病原菌。，芽枝霉门包含1个纲，但可进一步划分为多个目和科。

    芽枝霉门（blastocladiomycota）的分类

    1. 芽枝霉纲（blastocladiomycetes）

    特征：

    游动孢子：具有鞭毛，可在水中游动（类似壶菌）。

    生活史：部分种类存在明显的世代交替（如二倍体与单倍体阶段）。

    生态：多为腐生或寄生，部分感染昆虫、藻类或植物。

    主要目及代表属：

    1. 芽枝霉目（blastocladiales）

    代表属：

    Allomyces（异水霉属）：模式属，用于研究真菌有性生殖。

    blastocladiella（小芽枝霉属）：寄生性较强。

    coelomomyces（腔霉属）：专性寄生蚊虫幼虫（用于生物防治）。

    特点：菌体呈假根状或分枝菌丝，部分种有性生殖明显。

    2. 雕蚀菌目（catenariaceae）（部分分类系统归入此目）

    代表属：catenaria（链枝霉属），寄生线虫或小型无脊椎动物。

    分类学争议与更新

    与壶菌的关系：芽枝霉门曾归入壶菌门（chytridiomycota），后因分子系统学研究独立成门。

    生态多样性：部分种类（如coelomomyces）被研究用于控制蚊媒疾病（如疟疾）。

    生态与经济意义

    研究模型：Allomyces 是研究真菌性别决定和减数分裂的重要材料。

    生物防治：coelomomyces 可寄生蚊幼虫，潜在用于疾病防控。

    真菌界的虫霉门（Entomophthoromycota）是一类专性寄生或兼性腐生的真菌，主要感染昆虫、螨类及其他无脊椎动物，在自然界中具有重要的生物调控作用。根据最新的分类系统（如《outline of Fungi and funguslike taxa》(2020) 和 wijayawardene et al., 2022），虫霉门目前包含 2个纲，其分类基于形态、生活史及分子系统学研究。

    虫霉门（Entomophthoromycota）的主要分类

    1. 虫霉纲（Entomophthoromycetes）

    特征：

    分生孢子：通过弹射机制主动传播（如“真菌大炮”现象）。

    寄生性：专性寄生昆虫（如蚜虫、苍蝇）或螨类，部分种可人工培养。

    菌丝结构：多核，无隔膜或仅部分分隔。

    主要目及代表属：

    1. 虫霉目（Entomophthorales）

    代表属：

    Entomophthora（虫霉属）：感染蝇类（如家蝇）。

    pandora（潘多拉霉属）：专性寄生蚜虫（如 pandora neoaphidis）。

    conidiobolus（分生孢霉属）：兼性腐生，部分种可感染哺乳动物（罕见）。

    生态作用：在自然中控制害虫种群，部分用于生物防治。

    2. 新接霉纲（Neozygitomycetes）

    特征：

    较晚发现：基于分子系统学独立分出。

    寄生范围：主要感染螨类或小型节肢动物。

    代表属：

    Neozygites（新接霉属）：如 Neozygites floridana，寄生螨类（如红蜘蛛）。

    分类学争议与更新

    历史归属：虫霉门曾归类于接合菌门（Zygomycota），后因分子证据独立成门。

    医学相关性：少数 conidiobolus 和 basidiobolus（现归入basidiobolomycota）可感染人类（罕见皮下或鼻腔感染）。

    生态与经济意义

    生物防治：如 Entomophthora muscae 用于控制蝇类害虫。

    基础研究：分生孢子弹射机制是生物力学研究模型。

    真菌界的单毛菌门（monoblepharidomycota）是一类较为少见的水生真菌，属于早期分化出的真菌类群之一。其最显着的特征是产生具有单根后生鞭毛（whiplash型）的游动孢子（与壶菌相似，但鞭毛数量不同）。单毛菌门目前仅包含 1个纲，但可进一步划分为多个目和科。

    单毛菌门（monoblepharidomycota）的分类

    1. 单毛菌纲（monoblepharidomycetes）

    特征：

    游动孢子：具单根后生鞭毛（与壶菌门的多鞭毛游动孢子不同）。

    生活史：有明显的有性生殖阶段，形成卵配生殖（oogamy）结构。

    生态：腐生或兼性寄生，主要生活在淡水环境（如池塘、湖泊中的腐烂植物残体）。

    主要目及代表属：

    1. 单毛菌目（monoblepharidales）

    代表属：

    monoblepharis（单毛菌属）：模式属，菌丝体发达，产生藏卵器和雄器。

    Gonapodya（弯孢菌属）：菌丝体简化，常腐生于水生植物。

    harpochytrium（弓霉属）：单细胞或简单菌丝，附着于藻类或植物残体。

    特点：有性生殖时，雄性配子（游动精子）与雌性藏卵器结合，类似某些藻类的生殖方式。

    分类学争议与演化意义

    早期分化类群：分子系统学研究表明，单毛菌门与壶菌门（chytridiomycota）和芽枝霉门（blastocladiomycota）同属早期真菌分支，但因其独特的鞭毛结构和有性生殖方式被独立为门。

    形态简化：部分属（如 harpochytrium）的菌丝体退化为单细胞，可能与寄生或腐生生活方式相关。

    生态与科研价值

    演化研究：单毛菌门的有性生殖机制（卵配生殖）为研究真菌与动物的生殖演化提供了线索。

    淡水生态：参与有机物分解，维持水生微生物循环。